אגף תכנון ופיתוח
מנהל ויוזם תכנון מקרקעין, מיצג את המינהל בועדות סטטוטוריות
ובינמשרדיות, מתקשר עם יועצים חיצוניים, מנחה את מחלקות התכנון בנושא
תכנון ארצי ומדיניות, ואת החברות המנהלות בנושאי תכנון ארצי והתקשרויות
עם יועצים, ועוסק במיפוי ומדידות.

אגף שיווק וכלכלה
משווק קרקעות, מקצה קרקעות ומוסר זכויות קרקע באזורים עירוניים. מנהל
נכסי דיור בתיאום עם החברות המשכנות, מבצע פינויים ויוזם פרוייקטים.

אגף חוכרים
קובע, משפר ומייעל תהליכי עבודה במחלקות משתכנים. מטפל בחוכרים
ומשתכנים במגזר העירוני: אכלוס משתכנים, העברת זכויות, גביית דמי חכירה
והיוון, תוספת בניה, שינוי ייעוד וניצול מגרש, פיצול מגרש, מתן התחייבות
לרישום משכנתא/ הסכמה למשכון זכויות, יובל חכירה, טיפול בבקשות למידע מוקדם.

אגף קרקע חקלאית
אחראי על ניהול הקרקע בישובים חקלאיים מתוכננים: מושבים, מושבים שיתופיים,
לרבות הרחבות קהילתיות בישובים אלה. אחראי על ניהול הקרקע בישובים קהילתיים,
בהתיישבויות בודדים ובנחלות בודדות. מנהל הקרקע בשטחי עיבוד חקלאיים שנמסרים
לפרטיים ולחברות בחכירה לזמן ארוך. אחראי על פעולות ושימושים בקרקע חקלאית-  
גנים לאומיים, שמורות טבע, ייעור, מפעלי מים וחשמל באיזורים כפריים, פעילות במגזר הערבי,
הקצאת קרקע למטרות ביטחון, העברת זכויות והשכרת קרקע לזמן קצר לעיבוד או לרעייה,
טיפול בבקשות למידע מוקדם.

אגף רכישות בעלות ורישום
אחראי על רישום זכויות החוכרים בטאבו ובקובץ הבעלות של המינהל,
הפקעות לצרכי ציבור ומתן פיצויים בגינן, רכישות קרקעות וחליפין, תביעות
להסדר מקרקעין.

אגף פיקוח
אחראי לשמירה ולפיקוח על מקרקעי ישראל. מייצג את המינהל בשטח, מבצע
את השליטה הפיסית בקרקעות הבלתי מוקצות, מפקח על השימושים השונים
בהתאם לחוזים, הרשאות והחוק. אוסף נתונים המסייעים לניהול השוטף.
נוקט בצעדים משפטיים ואחרים כנגד פולשים, מסיגי גבול, מפרי חוזה וחוק.
נאבק בגונבי החול והמחצבים במקרקעי ישראל.
פועל יחד עם גורמי אכיפה אחרים כנגד עברייני המקרקעין והבניה.

אגף שמאות
טיפול בשומות שמזמין המינהל, ליווי וייצוג המינהל בהליכי השגה אצל השמאי
הממשלתי, סיוע שוטף למחלקות ולהנהלות המחוזות והמינהל, סיוע
לפרקליטויות המחוזיות ולפרקליטות המדינה. בקרה על עבודות שמאות של
חברות מנהלות. בקרה על עסקאות הקצאה, טבלאות איזון ומסמכי כדאיות
כלכלית. טיפול בעסקאות גדולות ושומות ברמה ארצית. השתתפות בדיונים,
בהליכים משפטיים ובבוררויות בעניינים עקרוניים. בדיקה וייעוץ לגיבוי עמדות
המינהל לגבי מדיניות הנחות. בדיקת ועדכון טבלאות מחירים.

אגף מידע, שליטה בקרה ואו"ש
מספק שירותי מחשוב לעובדי מינהל מקרקעי ישראל ובכך מקל על קהל
הלקוחות הפונה למינהל.
האגף הקים תשתית של מערכות מחשוב ומתחזק אותה.
פיתח ומפתח מערכות מידע. קובע, משפר ומייעל תהליכי עבודה ממוכנים וידניים.

אגף לייעוץ משפטי
עוסק בייעוץ משפטי שוטף ומתן חו"ד משפטית להנהלת המינהל, למנהלי
היחידות ולעובדים במחוזות, מכין חוזים ומסמכים משפטיים. נותן כתבי
התחייבות לרישום משכנתה, מטפל בתיקי הוצאה לפועל ובהכנת חומר
בהגשת תביעות משפטיות ע"י המינהל או ע"י פרקליטות המדינה בשם
המינהל, מטפל בתביעות משפטיות נגד המינהל.

אגף חשבות וכספים
מטפל בפעולות הכספיות, התקציביות ובניהול החשבונות של מינהל מקרקעי ישראל.
בחשבות: ריכוז התקציב והכנת השינויים בו בהתאם לבעלויות, טיפול בכספי
ההכנסות, בהוצאות, קביעת סדר עדיפויות לתשלומים, קביעת סדרי קבלת
תשלומים וגביה והסדרי עסקות חכירה ומכר, קביעת הוראות סדרי מינהל
הכספים והחשבונות, הדרכת עובדים.
בגזברות: בדיקת מפרט כספי של כל עסקה, מעקב אחר תשלומים, דיווח
למחשב, החזרי כספים.

תחום מיפוי ומדידות
יצירה והרחבה של שכבת עסקות מחוזיות במערכת הממוחשבת - GIS, לצורך
שיפור ניהול המקרקעין. מעקב אחר תשריטי חלוקה הנשלחים לועדות התכנון.
מתן פתרונות הולמים לדרישות הפיקוח והקמת שכבות משותפות. שילוב
מחלקת רישום והסדר וספר הנכסים בתחום ה GIS ושיתוף פעולה בנושאי
אזורים לרישום פרצלציה ורישום זכויות חוכרים בלשכת רישום המקרקעין.
הדרכה מקצועית שנתית בתוכנות המיפוי לעובדים בתחומים שונים.

אגף מינהל ומשאבי אנוש
האגף מופקד על העמדת המשאבים והאמצעים הנדרשים ליחידות השונות
לשם השגת המטרות והיעדים שנקבעו להן. במסגרת אגף זה פועלות ארבע
יחידות משנה:
משאבי אנוש- השמת כוח אדם לאיוש משרות, הדרכה והנדסת ייצור- הכשרת
עובדים למילוי תפקידם, קידום השכלה, ניהול ארכיב. יחידת משאבים חומריים-
העמדת כל האמצעים הלוגיסטיים המגוונים ליחידות האופרטיביות,
רווחה- טיפול ברווחתו של העובד באמצעות מגוון רחב של אמצעים ומשאבים.

אגף ביקורת פנים
בודק אם הפעולות במינהל תקינות מבחינת השמירה על החוק, על ניהול תקין,
על טוהר המידות ועל החיסכון והיעילות. מוודא קיום ההוראות המחייבות את
המינהל כגוף ציבורי. בודק את ניהול הנכסים וההתחייבויות של המינהל, את
הנהלת החשבונות שלו ואת דרכי שמירת הרכוש. בודק אם ההחלטות
מתקבלות ע"פ נהלים תקינים, בודק את תיקון הליקויים עליהם הצביע מבקר המדינה.

מחוז צפון
שטחו של מחוז צפון הוא כ- 4,100,000 דונם.
במחוז נכללים: ארבע-עשר ערים, מהן חמש של בני מיעוטים,
חמש עשרה מועצות אזוריות, מהן שתיים של בני מיעוטים. חלק נכבד מהמועצות
האזוריות מעורבות ליהודים ובני מיעוטים.
במחוז שישים וחמש מועצות מקומיות, מהן ארבעים ושבע של בני מיעוטים,
מאתיים חמישים ותשעה מושבים וקיבוצים וחמישים ישובים קהילתיים.
סה"כ מעל ארבע מאות ישובים.
האוכלוסיה במחוז מגוונת וכוללת יהודים, דרוזים כפריים,
צ'רקסים כפריים, בדואים, ערבים מוסלמים וערבים נוצרים.
מאפיינים ייחודיים: המחוז מתאפיין בשטחי יער ושמורות טבע נרחבים, הרים ועמקים גדולים.
במחוז מחצבות רבות לחומרי גלם שונים.
התיירות הכפרית מפותחת ומשלבת אתרי שמורות טבע, יערות ק.ק.ל, אתרים ייחודיים, כגון:
החרמון, הכנרת, אטרקציות מיוחדות ואלפי חדרי ארוח כפריים.

מחוז חיפה
שטחו של מחוז חיפה 881,350 דונם סך התושבים כ- 1,616,079 נפש.
במחוז נכללים: חמישה עשר ערים, ארבע מועצות אזוריות, ארבע עשרה מועצות מקומיות
שבתחומיהן עשרים וארבעה מושבים ועשרים ושלושה קיבוצים.
במחוז ישנם ארבעה בתי ספר חקלאיים.
חיפה הנה העיר המרכזית והגדולה במחוז בעלת נמל מפותח, שדה תעופה
וצומת מסילות אשר מעמידים אותה כעיר הדומיננטית והמרכזית בצפון הארץ.
במחוז ישנן ערים בעלות חשיבות דתית לכלל הדתות, כגון חיפה ועכו, המהוות
מרכז רוחני לעולי רגל מכל קצוות העולם.
במחוז מתבצעים פרוייקטים מיוחדים, למשל- רכבת ישראל, נמל חיפה, ואדי
סאליב (חיפה), עכו העתיקה וכן פרוייקטים ייחודיים של הבהאיים שמשפיעים
על מצב התיירות בישראל בכלל ועל מראה הערים עכו וחיפה בפרט.

מחוז מרכז
שטחו של מחוז מרכז הוא כ- 1,240,000 דונם. סך התושבים הוא כ- 1,300,000 נפש.
במחוז נכללים: ששה עשר ערים, ארבע עשר מועצות אזוריות, עשרים ושמונה
מועצות מקומיות ו- מאה שבעים מושבים וקיבוצים.
במחוז מרכז אוכלוסיה רבה, פעילות עסקית ענפה ומחסור במקרקעין זמינים.
העסקות במחוז מורכבות ומספר מקבלי השירות הינו רב ביותר.
המחוז מקדם פרוייקטים בעלי משמעות כלכלית ולאומית, ופרוייקטים של פינוי בינוי.
כחלק מתהליכי שיפור השירות, המחוז הינו הראשון בהקמת מחלקת שירות מרחבית (מש"מ).

מחוז תל אביב
שטחו של מחוז תל אביב הוא 174,140 דונם המהווים כ- 0.7% משטח המדינה.
50% משטח המחוז מנוהל ע"י מינהל מקרקעי ישראל לעומת ממוצע ארצי של 93%.
במחוז נכללים: תשע עריות, מועצה אזורית- אפעל ושלוש מועצות מקומיות.
מאפיינים ייחודיים: ערים ותיקות, קרקע מבונה ברובה- התמחות ב"פינוי בינוי"-
פינוי פרוייקטים ישנים כגון: מגורים, מפעלים, צה"ל, משרדי ממשלה, לצורך בניה חדשה.
ערכי קרקע גבוהים - מיעוט קרקע חקלאית.

מחוז ירושלים
שטחו של מחוז ירושלים הוא כ- 1,700,000 דונם, סך התושבים כ- 1,400,000 נפש.
במחוז נכללים: שש ערים, בראשן ירושלים שהיא עיר הבירה בעלת מאפיינים לאומיים,
שלוש מועצות מקומיות, שש מועצות איזוריות, תשעים ושבעה מושבים, עשרים ושלושה
קיבוצים ושני מרכזים איזוריים.
המתחמים העירוניים מבונים ומפותחים, בחלקם פרוייקטים למחזור קרקע ובחלקם התפתחות
נרחבת של יישובים. בתחום מחוז ירושלים מגזר כפרי נרחב, ישובי מיעוטים וקו תפר ארוך.
כמו כן, מאופיין המחוז בפרוייקטים לאומיים: בתחום התשתיות, קיימים פרוייקטים מיוחדים
וחדשניים כמו מתקני התפלה וקידוחי גז.

מחוז דרום
שטחו של מחוז דרום הוא כ- 13,223,000 דונם המהווים 2/3 משטח מדינת ישראל,
כ- 44,000 דונם מתוכם בבעלות פרטית, כ- 1,000,000 דונם שטח לא מוסדר.
(שטח לא מוסדר: תביעות של בדואים ורישום בשיטה הישנה)
במחוז נכללים: שמונה ערים- בראשן באר-שבע שהיא עיר המחוז, חמש מועצות מקומיות,
מועצה מקומית תעשייתית, תשע מועצות אזוריות הכוללות קיבוצים, מושבים ומרכזים אזוריים
(ישובים קהילתיים קטנים), סה"כ מאה ושמונה עשר ישובים.
במסגרת המועצות האזוריות קיימות התיישבויות בודדים שחלקן לא מוסדר. פזורה בדואית רבה
מאפיינת את השטחים הפתוחים מבאר-שבע בואכה ערד, דימונה ומצפה רמון. קיימות שמונה
עיירות בדואיות ובשלבי תכנון תשע עיירות נוספות, המשוייכות כיום למועצה מרחבית חדשה.
מאפיינים ייחודיים: חקלאות- מתועשת והמבוססת על מים מליחים, חקלאות ימית.
תיירות- עירונית באילת, רפואית בים המלח ומרחצאות, מדברית, נושאית- דרך היין ומכתשים,
היסטורית (למשל- מצדה, דרך הבשמים).
מחצבים- חול, שיש וכו.
משאבי טבע- ים סוף, ים המלח, מדבר, שמורות טבע, מכתשים ומים מליחים.
המחוז מוגבל בפיתוח בשל רגישות נופית, מגבלות צבאיות,
ריבוי תשתיות לאומיות (תחנות כח, מסדרונות תשתיתיים), עתיקות ועוד.

מחוז יו"ש
שטחו של מחו יו"ש בשטחי C כ- 3,400,000 דונם, מתוכם כ- 2,000,000 דונם
אדמות מדינה וסקר (תביעת בעלות של המדינה). ישנם כ- 123 ישובים ישראליים וכ- 80 מאחזים.
האוכלוסיה היהודית מונה כ- 250,000 נפש.
במחוז נכללים: שלושים ישובים עירוניים, תשעים ושלושה מושבים, קיבוצים וישובים קהילתיים.
מבחינה מוניציפלית: שלוש עריות, ארבע עשר מועצות מקומיות, שש מועצות אזוריות
ועד מקומי אחד בישוב היהודי בחברון.